最初，水原足球俱乐部是2003年水原市政府成立的一支足球队，参加韩国全国联赛。

2012年12月，水原足球俱乐部被批准加入韩国职业足球联赛。水原足球俱乐部是韓國足球協會新成立的挑戰K聯賽创始球队，并参加2013年挑戰K聯賽。

2015年，水原FC在聯賽中得到第3名，透過升降及附加賽升入2016年韩国职业足球经典联赛[2]，不過水原FC也成為K聯賽的匆匆過客，在2016賽季拿到10勝9平19負，積39分墊底降級，回到韩国职业足球挑战联赛。

2020年，水原FC在聯賽中得到第2名，透過升降及附加賽升入2021年K联赛1。